El II Plan de la Calidad de las Universidades (II PCU) fue establecido por el Real Decreto 48/2001, de 20 de Abril de 2001 y tenía prevista una vigencia de seis años. Siguiendo la línea iniciada por el primen Plan Nacional de Evaluación de la Calidad de las Universidades y otras experiencias previas, su voluntad explícita era la de fomentar la implantación de sistemas de Calidad en las Universidades españolas, poniendo especial énfasis en la transparencia y la información al ciudadano y abriendo una vía a la acreditación de las titulaciones.

Los objetivos que se planteaban en este II Plan de Calidad de las Universidades son:

1.Continuar con la Evaluación Institucional y fomentar la implantación en las Universidades de sistemas de calidad integral para la mejora continua.

2. Promover la participación de las Comunidades Autónomas en el desarrollo de la gestión del Plan propiciando la creación de entidades autonómicas dedicadas a tal fin, con el objeto de propiciar una red de Agencias de la Calidad Universitaria coordinadas por el Consejo de Universidades.

3. Desarrollar metodologías homogéneas con las existentes en la Unión europea, que permitan establecer estándares contrastados para la acreditación de la calidad alcanzada.

4. Implantar un sistema de información a las Universidades, a las Administraciones públicas y a la sociedad, basado en la evaluación por los resultados y apoyado en un catálogo de indicadores, que pueda servir de base para la toma de decisiones en el ámbito de sus respectivas competencias.

5. Establecer un sistema de acreditación de programas formativos, grados académicos e instituciones que permita garantizar la calidad en conformidad con estándares internacionales, abarcando también programas de doctorado y formación de postgrado.

Por su parte, la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea concurrió al II PCU con un proyecto que contemplaba la evaluación de todas sus titulaciones en el periodo 2003-2007. La filosofía, objetivos, postulados y procedimiento a emplear seguían las directrices propuestas por el Consejo de Universidades. Estas directrices no hacen sino trasladar las prácticas vigentes en los países europeos más desarrollados y, en concreto, las recomendaciones e iniciativas del ENQA (European Network for Quality Assurance in Higher Education -http://www.enqa.net).

El II Plan de Calidad de las Universidades quedó derogado -Real Decreto 1391/2003, de 17 de Noviembre de 2003- y se trasvasan a la recién creada Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación (ANECA) las funciones que hasta ese momento desarrollaba el Consejo de Coordinación de Universidades.